A Bujinkan 9 iskolát egyesít magában, melyből 3 ninja iskola, 6 pedig egyéb szamuráj harci iskola.

Ninja iskolák:

- Togakure Ryu Ninpo - A Rejtett Ajtó Iskolája
- Gyokushin Ryu Ninpo - A Drágakőszív Iskola
- Kumogakure Ryu Ninpo - A Felhőkbe Rejtett Iskola

Szamuráj iskolák:

- Gyokko Ryu Kosshijutsu - A Drágakőtigris Iskolája
- Kukishinden Ryu Happo Hikenjutsu - A Kilenc Démonisten Iskolája
- Shinden Fudo Ryu Dakentaijutsu - A Rendíthetetlen Szív Iskolája, vagy „Az Istenektől Kapott Rendíthetetlen Tanítások Iskolája”
- Gikan Ryu Koppojutsu - Az Igazság, Hűség és Igazságosság Iskolája
- Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu - A Magas Fa, Emelkedett Szív Iskolája
- Koto Ryu Koppojutsu - A Tigris Letaglózása Iskolája

Az egyes iskolákról részletesebben később olvashatsz.